Prologue : C'est le nom de la campagne en mode coopération en référence à sa disposition chronologique par rapport à l'histoire de Sam Fisher dans le jeu (solo). Dans ce mode, l'un des deux joueurs joue Archer et l'autre, Kestrel. En effet, le scénario fait que leurs deux agences travaillent ensemble pour récupérer des ogives russes volées. En plus des éléments du gameplay en solo, il sera possible de marquer des ennemis et de les exécuter à deux ou de se partager les rôles. Aussi, si l'un des joueurs tombe, l'autre pourra le réanimer. Les joueurs risquent de se faire attraper par l'ennemi, pris en otage pour que l'autre le libère.
Campagne solo
Opérations Spéciales (Multi) :
- Mode Chasseur : Un mode coopératif où il faut nettoyer tous les ennemis dans une zone. Si les joueurs ne sont pas assez discrets, des renforts arrivent, rendant la tâche plus difficile.
- Mode Infiltration : Mode coopératif dans lequel vous devez éliminer tous les ennemis sans vous faire repérer. Ce mode est réservé à certaines versions précommandées ou en téléchargement par le service UPlay.
- Mode Face Off : Mode uniquement jouable à deux dans lequel les deux joueurs s'affrontent parmi les IA ennemis.
- Mode Dernier Survivant : Il faudra défendre un dispositif EMP des attaques de terroristes. Il faut préciser que l'un des deux coéquipiers pourra abandonner le combat pour réparer l'objet car si la charge EMP est détruite, la partie s'arrête. A ce moment-là, le jeu s'intensifiera grandement pour celui qui devra continuer à affronter les agresseurs.

A noter que les modes Dernier Survivant, Infiltration et Chasseur pourront se jouer en solo contre des bots.